日本数字货币组织架构主要包括以下几个方面：

日本的数字货币监管机构是日本金融厅(Financial Services Agency,FSA)。该机构负责对数字货币行业进行监管和管理，包括发行、交易、支付等方面的监管。FSA还制定了一系列的政策和规定，以规范数字货币市场的发展。

日本的数字货币交易所也是由FSA进行监管和管理的。目前，日本主要的数字货币交易所有Bitflyer、Coincheck、Mercado Bitcoin等。这些交易所需要遵守FSA的规定和政策，以保证市场的公正、透明和安全。

第三，日本的数字货币支付服务提供商也是由FSA进行监管和管理的。目前，日本主要的数字货币支付服务提供商有PayPal、Stripe、Alipay等。这些支付服务提供商需要遵守FSA的规定和政策，以保证用户的资金安全和隐私保护。

第四，日本的数字货币技术研发机构也是由FSA进行监管和管理的。目前，日本主要的数字货币技术研发机构有SBI Group、Monex Group、Quoine等。这些研发机构需要遵守FSA的规定和政策，以保证技术的安全性和可靠性。

日本的数字货币行业协会也是由FSA进行监管和管理的。该协会旨在推动数字货币行业的发展和创新，为会员提供相关的培训和服务。该协会还会定期发布行业报告和研究分析，以帮助会员了解市场动态和趋势。

日本数字货币组织架构主要包括数字货币监管机构、数字货币交易所、数字货币支付服务提供商、数字货币技术研发机构和数字货币行业协会等方面。这些机构共同构成了日本数字货币市场的重要组成部分，为数字经济的发展提供了有力的支持和保障。